∵点M（3a-9，1-a）是第三象限的点，
∴

3a−9＜0① 1−a＜0②

，
解不等式①得，a＜3，
解不等式②得，a＞1，
∴1＜a＜3，
∵点M（3a-9，1-a）是第三象限的整数点，
∴a=2，
∴3a-9=3×2-9=-3，
1-a=1-2=-1，
∴点M的坐标是（-3，-1）．
故选A．