首先,细胞质基质是除细胞器及细胞核以外的细胞内的液体.mRNA从核里出来后与核糖体连接,进行翻译,翻译完毕后形成多肽类物质,就进入细胞质基质中以小泡的形式运输,利用小泡送至内质网,高尔基体进行加工修饰形成蛋白质.若是内质网上的核糖体翻译合成的蛋白质(胞外蛋白）以后就依次经过内质网,高尔基体最后由细胞膜的外排作用出细胞；若是游离于细胞质基质中的核糖体（游离核糖体）翻译合成的蛋白质则不出细胞,用于细胞内的新陈代谢.
细胞质基质及细胞内各种膜性细胞器在结构上都是相连的.