用放射性同位素标记化合物时，应该标记该化合物的特征元素．蛋白质的组成元素有C、H、O、N，还有部分含有S元素，而核酸的组成元素为C、H、O、N、P，其中S是蛋白质的特征元素，P是核酸的特征元素，因此要想标记生物细胞中的蛋白质，而不标记核酸，应运用的同位素是³⁵S．
故选：D．