光化学系统中最重要的是能量驱动力是 H+ ,通过分析photosystem 2型和thylakoid membrane可以发现主要来源有2个,P680经过光反应结合oxygen-evolving complex分解水产生的一部分 parton,PQ-PQH2系统主动转运跨膜H离子梯度产生,造成膜内parton浓度高于膜外,可以驱动合成ATP.P700经光反应通过铁氧化还原蛋白合成NaDPH.具体合成机理参看ATP Binding-change model,parton参与合成反应.
光合作用光反应产生的ATP、NaDPH都将用于碳反应中：
对于最常见的C3的反应类型,植物通过气孔将CO2由外界吸入细胞内,通过自由扩散进入叶绿体.叶绿体中含有C5,起到将CO2固定成为C3的作用.C3再与NADPH在ATP供能的条件下反应,生成糖类(CH2O)n 并还原出C5.被还原出的C5继续参与碳反应.
能量的守恒：光能--parton--ATP和NaDPH--糖的合成.
关于H+的传递,你自己也写着：剩余的H+在类囊体内腔中沉积,这个造成thylakoid的pH为5,而基质的pH为8.维持这个浓度梯度依靠的是H+的传递,其实也就是代表了“光能--parton--ATP和NaDPH”这个过程,实际上这些能量不仅用来生成ATP,还驱动跨膜蛋白的运输,细菌的鞭毛转动等.
由于细胞内膜系统存在主动运输和被动运输,所以即使其内外pH值相同也仅仅代表阴、阳离子总数相同,而不代表某一离子在膜内外的浓度相同,反之亦然.