A、钠离子与氢氧化钠、盐酸均不发生离子反应，加入过量氢氧化钠溶液增大了钠离子的数目，故A错误；
B、Mg²⁺与氢氧根离子反应生成氢氧化镁，氢氧化镁与盐酸反应生成Mg²⁺，Mg²⁺数目不变，故B错误；
C、Al³⁺与氢氧根离子反应生成偏铝酸根离子，偏铝酸根离子与氢离子反应生成Al³⁺，Al³⁺数目不变，故C错误；
D、Fe²⁺与氢氧根离子反应生成氢氧化亚铁，氢氧化亚铁与氧气、水反应生成氢氧化铁，氢氧化铁与氢离子反应生成铁离子，因此Fe²⁺数目减少，故D正确；
故选：D．