各自的缺点如下：
直接使用酶：对环境条件非常敏感,容易失活；溶液中的酶很难被回收,不能被再次被利用,提高了生产成本；反应后酶会混在产物中,可能影响产品品质.
使用固定化酶：一种酶只能催化一种化学反应,而在生产实践中,很多产物的形成都是通过一系列的酶促反应才能得到的.
使用固定化细胞：固定后的细胞与反应物不容易接近,可能导致反应效果下降.由于大分子物质难以自由通过细胞膜,因此固定化细胞的技术也受到限制.