对于A，”m⊥n，m∥α，n∥β”推不出α⊥β，故不正确
对于B，“m⊥n，α∩β=m，n⊂α”推不出α⊥β，故不正确
对于C，根据m∥n，n⊥β，m⊂α可⇒α⊥β，可知该命题正确
对于D，“m∥n，m⊥α，n⊥β”→α∥β，故不正确．
故选C．