A、细胞核内存在易被碱性染料染成深色的物质为染色质，故A正确；
B、核仁是与核糖体形成有关的细胞核的结构，不属于细胞器，故B错误；
C、核孔是mRNA、酶等大分子物质进出细胞核的通道，但DNA不能自由通过，具有选择性，故C正确；
D、核膜是生物膜，生物膜的基本支架是磷脂双分子层，故D正确．
故选：B．