A、诱变育种的原理是基因突变，属于分子水平，A正确；
B、杂交育种的原理是基因重组，属于个体水平，B错误；
C、单倍体育种的原理是染色体变异，属于细胞水平，C错误；
D、多倍体育种的原理是染色体变异，属于细胞水平，D错误．
故选：A．