大肠杆菌是革兰氏染色阴性,而枯草芽孢杆菌为阳性,前者是兼性需氧菌,后者是需氧菌,前者会产生芽孢（抵御不良环境）,而后者却不会；根据这些生理上的差异,进行选择性灭菌,如果想除去大肠杆菌可能加热灭菌法,大肠杆菌除去,但枯草芽孢杆菌保存芽孢而在条件适宜条件下重新产生,再加入枯草芽孢杆的纯种就可以了.
反之,使发酵罐处理无氧条件下,枯草芽孢菌缺氧而死亡,但枯草芽孢杆菌会产生芽孢,条件适应时又会萌发,但加入一种万古霉素（可抑制革兰氏阳性菌生长）.将枯草芽孢杆菌消除.
其实具体问题具体分析,根据需要确定吧.