A、在细胞的不同阶段，DNA携带的信息一般是不变的，但由于不同阶段表达的基因不同，所以形成的RNA和蛋白质的种类也会不同，A正确；
B、转录主要在细胞核中进行，此外在细胞质的线粒体和叶绿体中也能进行，翻译在细胞质的核糖体上进行，B正确；
C、转录和翻译过程中都会发生碱基互补配对，C错误；
D、mRNA是翻译的直接模板，而mRNA是以DNA的一条链为模板转录形成的，所以DNA是最终决定蛋白质结构的遗传物质，D正确．
故选：C．