你的问题在于没有正确理解隔离和物种形成的关系.
一个新物种的形成必定会有基因频率的改变.否则就不叫新物种了.但不一定有生殖隔离.
如果生殖隔离出现了,那也一定是出现了新物种（这个很好理解,本来同一物种,现在都出现生殖隔离了,肯定不再是同一物种了）.
而地理隔离不一定会导基因频率的改变,也不一定会导致生殖隔离.它只是为生物进化提供了环境条件.