①真核细胞中，基因主要存在于染色体上，少数存在于细胞质的线粒体和叶绿体中，①错误；
②原核生物和真核生物的基因中，均存在编码区和非编码区，②正确；  
③mRNA中的三个相邻碱基能代表一个遗传密码，③错误；
④基因中的一个碱基发生变化，就可能导致所控制的蛋白质的氨基酸发生变化，从而使遗传性状的改变，④正确；
⑤有些遗传性状是由多对基因共同控制的，⑤正确．
则正确的说法有②④⑤．
故选：D．