（1）菜豆种子的营养物质储存在子叶里，在种子萌发时，由子叶将营养物质转给胚芽、胚轴、胚根利用．由胚根发育成根，胚芽发育成茎和叶，胚轴发育成连接根与茎的部位．
（2）该同学为了“探究菜豆种子萌发的环境条件”，设置了2组对照实验，A与B，变量是水分；B与C，变量是空气．目的是探究种子的萌发需要一定的水分和充足的空气．
（2）对照组是实验变量没有变化的一组B组，实验组是变量有变化的一组A、C组．．因此，如果参照该实验来探究菜豆种子萌发是否需要光，我们应该选择B组装置作为对照，还需要的另一实验组仿照B组进行，D组是用菜豆种子、湿棉花、在无光的条件下（遮光）．如D组也萌发，表明种子的萌发与光无光，如不萌发表明种子的萌发需要光．
故答案为：
（1）子叶；胚根；
（2）种子的萌发需要一定的水分和充足的空气．
（3）D组是用菜豆种子、湿棉花、在无光的条件下（遮光）．．