∵∠ACB=90°，CD⊥AB，
∴∠BDC=∠CDA=90°，
∠B=∠ACD=90°-∠BCD，
∴△BCD∽△CAD，
∴△BCD的面积：△CAD的面积=（BC：AC）²=4：9．
又∵△BCD的面积：△CAD的面积=（

1

2

×BD×CD）：（

1

2

×AD×CD）=BD：AD，
∴BD：AD=4：9．
故选B．