A、两者是同种元素，原子核的结构相同，故其核内质子数相同；
B、两者是同种元素，原子核的结构相同，故其核内中子数相同；
C、原子的质量主要集中在原子核上，两者是同种元素，原子核的结构相同，故其相对原子质量相同；
D、钠离子是钠原子失掉最外层的一个电子形成的，故其核外电子数不同；
故选：D．