酚:氯仿:的目的是沉淀蛋白质原理如下：
酞与氯仿是非极性分子,水是极性分子,当蛋白水溶液与酚或氯仿混合时,蛋白质分子之间的水分子就被酚或氯仿挤去,使蛋白失去水合状态而变性过离心,变性蛋白质的密度比水的密度为大,因而与分离,沉淀在水相下面,从而与溶解在水相中的DNA分开.
水相异戊醇的目的是减少抽提过程中的泡沫产生,原理如下：
在抽提DNA时,为了混合均匀,必须剧烈振荡容器数次,这时在混合液内易产生气泡,气泡会阻止相互间的充分作用.加入异戊醇能降低分子表面张力,所以能减少抽提过程中的泡沫产生.