正确形式应该是：
Do you know when he will come?
原因：
①及物动词know后面接的是【宾语从句】,从句要用【陈述语序】：
②时态搭配：主句是【一般现在时】,宾语从句可以根据表达需要选用任何时态.这里,【他将会来吗?】应该是【一般将来时】,因此,用【when he will come】.
③ 注意：不能与状语从句中的时态搭配混淆——
主句用一般现在时,【时间、条件状语从句】中,【用一般现在时代替一般将来时】.