基因突变一般发生在细胞分裂的间期,（因为此时DNA的双螺旋结构打开,结构很不稳定）.

减数分裂过程中,四分体时期同源染色体间的交叉互换属于基因重组,不是基因突变；而如果发生在非同源染色体之间,则称为染色体变异.基因突变在哪个阶段发生基因突变在哪个阶段都会发生，但较容易发生在细胞分裂（包括有丝分裂和减数分裂）的间期。