如果以溴酚蓝跑到胶的底部为准,26kD在10%的由下往上1/4的地方,而15%就在由下往上大约1/2（不太确定）的地方,对于分子量比较小的蛋白,当然是胶的浓度越大,分离效果越好.但是你必须考虑到,胶的孔径一旦小于蛋白-SDS复合体的直径,分子量大于这个蛋白的所有蛋白仍然不能有好的分离效果.如果孔径太大,所有蛋白都跑得那么快,也是分不开的.
所以,关键是看这个分子量附近的蛋白,比如±5kD以内的所有蛋白,在不同浓度的胶中的速度差要尽可能达到最大,假设是对数正态分布,那么方差要足够大,才会有较好的分离效果.另一方面,蛋白跑的路程越大,也越能和附近的蛋白分开.
我的建议是溴酚蓝跑到底,而目标蛋白正好在整块胶的1/2的地方,分离的效果时最好的