A．蛋白质分子属于高分子化合物，本身不进行生命活动，不属于生命系统的层次，故A错误；
B．大肠杆菌属于细胞的层次，属于最基本的生命系统，故B正确；
C．噬菌体属于病毒，没有细胞结构，不属于生命系统的层次，故C错误；
D．蛙属于个体的层次，故D错误；
故选：B．