the noise had been so faint如果改成一般现在时可能有助于你的理
the noise is so faint （这个声音是如此微弱）
is是系动词,后面跟了一个形容词.这个句子是“主语+系动词+表语”结构.
the noise had been so faint是过去完成时.过去完成时的结构是had+过去分词,be的过去分词就是been.
你问为什么had been后面不是跟动词过去分词,答案是：
“had been+动词过去分词”是被动语态的过去完成时.而主动语态的过去完成时是不要been的,主动语态的过去完成时的结构是“had +动词过去分词”.