A、EeFf有两对等位基因，故能产生表现型种类数=2×2=4种，A错误；
B、EeFF×eeff杂交产生表现型的种类数=2×1=2种，B错误；
C、EeFF×EEFf杂交产生表现型的种类数=1×1=1种，C正确；
D、EEFf×eeFf杂交产生表现型的种类数=1×2=2种，D错误．
故选：C．