主要是细菌：大肠杆菌、乳酸菌、醋酸杆菌、甲烷杆菌、硝化细菌,反硝化细菌,根瘤菌、圆褐固氮菌、破伤风杆菌等,另外有蓝藻、放线菌、支原体等.