自由组合定律主要出现在减数分离产生配子过程中,而这个过程,同源染色体上的等位基因彼此分离到细胞两极,成为两个配子,又因为只有同源染色体上才会有等位基因,所以一个配子中全都是非同源染色体,其上也只有非等位基因,非同源染色体两两配对,非等位基因也就配对了,这就是自由组合.例如,现有两对同源染色体分别是AB和CD,其上各有一对等位基因,A1B1和C2D2,减数分裂过程中,A与B分离,C与D分离,则同时等位基因A1与B1分离,C2与D2分离,设AC进入同一个配子中,则它们配对后,A1与C2 就自由组合,因为AC是非同源染色体,A1C2是非等位基因,所以这就是非同源染色体上的非等位基因自由组合.