碱基指嘌呤和嘧啶的衍生物,是核酸、核苷、核苷酸的成分.DNA和RNA的主要碱基略有不同,其重要区别是：胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶碱,在RNA中极少见；相反,尿嘧啶是RNA的主要嘧啶碱,在DNA中则是稀有的.
除主要碱基外,核酸中也有一些含量很少的稀有碱基.稀有碱基的结构多种多样,多半是主要碱基的甲基衍生物.tRNA往往含有较多的稀有碱基,有的tRNA含有的稀有碱基达到10％.嘌呤和嘧啶碱基是近乎平面的分子,相对难溶于水：在约260纳米的紫外光区有较强的吸收.
DNA是由四种碱基组成的螺旋结构
DNA(脱氧核糖核酸)的结构出奇的简单.DNA分子由两条很长的糖链结构构成骨架,通过碱基对结合在一起,就象梯子一样.整个分子环绕自身中轴形成一个双螺旋.
在形成稳定螺旋结构的碱基对中共有4种不同碱基.根据它们英文名称的首字母分别称之为A(ADENINE 腺嘌呤)、T(THYMINE 胸腺嘧啶)、G(GUANINE 鸟嘌呤)、C(CYTOSINE 胞嘧啶).每种碱基分别与另一种碱基的化学性质完全互补,这样A总与T配对,G总与C配对.这四种化学"字母"沿DNA骨架排列."字母"(碱基)的一种独特顺序就构成一个"词"(基因).每个基因有几百甚至几万个碱基对.
碱基对
形成DNA、RNA单体以及编码遗传信息的化学结构.组成碱基对的碱基包括A、G、T、C、U.严格地说,碱基对是一对相互匹配的碱基（即A：T,G：C,A：U相互作用）被氢键连接起来.然而,它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）.它还与核苷酸互换使用,尽管后者是由一个五碳 糖、磷酸和一个碱基组成