A、碱基内部相互堆积作用，A正确；
B、分子疏水作用，B正确；
C、碱基对之间的氢键，C正确；
D、离子（带电磷酸基）间的相互作用，是同性相斥，不利于分子稳定，D错误．
故选：D．