一般认为粗面型内质网与多肽链的折叠、组装和糖基化修饰有关；高尔基体与分泌蛋白等的进一步加工有关（如水解断链、羟基化等）；细菌内的蛋白质加工细胞膜有关.所有的蛋白质加工均与信号肽引导序列有关.\x0d细胞内这些蛋白质可以在细胞质里进行修饰,主要有甲基化、糖基化、酰基化、二硫键的形成.基因表达后的修饰机理非常复杂,一般认为游离型核糖体合成的肽链进入细胞质,在那里进一步加工修饰.