A、肌糖元属于多糖，组成元素只有C、H、O三种，A错误；
B、蛋白质由C、H、O、N4种元素组成，有些蛋白质还含有P、S元素，所以分子式为C₆₃H₁₀₃O₄₅N₁₇S₂的化合物很可能是蛋白质，B正确；
C、核酸的组成元素有C、H、O、N、P5种，分子式中没有P元素，C错误；
D、组成脂质的元素主要是C、H、O，有些脂质还含有P和N，一般没有S元素，D错误．
故选：B．