（1）原子核是由质子和中子组成的，因此A、B选项错误；
（2）按物质尺度由大到小排列的顺序是：原子、原子核、质子，因此C选项正确；
（3）纳米是长度单位，与大米无关，不能从字面意思分析．
故选C．