A、不同农作物对矿质元素需求的种类和数量是不同的，农业生产上经常使用“轮种”的方式种植植物，这样可以合理地利用各种矿质营养，A正确；
B、通过燃烧秸秆发电，只能使秸秆中的能量经过燃烧一次性的释放出来，效率低下．应该采用作物秸秆发酵产生沼气，通过沼气发电或者使用沼气作为家庭生活的燃料，节约能源．同时经过发酵的秸秆可以作为肥料使用，这样才是对农作物中物质和能量的充分利用，B错误；
C、采用先进的生物工程技术改良农作物品种，充分利用各种生物固氮措施，尽量施用农家肥，减少化肥的施用，这样既提高了农作物的产量，又降低了环境污染，C正确；
D、设法提高以虫治虫、以菌治虫的效率，尽量减少甚至不使用有害农药，既使能量最大限度的流向了人类，又减少了环境污染，D正确．  
故选：ACD．