根据代谢过程对氧的需求,微生物又分为好氧、厌氧和介于两者间的兼性微生物.微生物分解有机物分为以下四个阶段：
1、水解阶段——被细菌胞外酶分解成小分子.例如：纤维素被纤维酶水解为纤维二糖和葡萄糖,淀粉被淀粉酶分解为麦牙糖和葡萄糖,蛋白质被蛋白酶水解为短肽和氨基酸等,这些小分子的水解产物能被溶解于水,并透过细胞为细胞所利用.
2、发酵阶段——小分子的化合物在发酵菌（即酸化菌）的细胞内转化为更为简单的化合物,并分泌到细胞外.这一阶段主要产物为挥发性脂肪酸（VFA）醇类、乳酸、CO2、氢、氨、硫化氢等.
3、产酸阶段——上一阶段产物被进一步转化为乙酸、氢、碳酸以及新的细胞物质.
4、产甲烷阶段——在这一阶段乙酸、氢、碳酸、甲酸和甲醇等被转化为甲烷、二氧化碳和新细胞物质.