A、线粒体基质是有氧呼吸的第二阶段，能够产生ATP，A错误；
B、线粒体内膜是有氧呼吸第三阶段发生的场所，能产生大量的ATP，B错误；
C、叶绿体基质是暗反应的场所，要消耗ATP，C正确；
D、叶绿体的类囊体薄膜是光反应的场所，能产生ATP，D错误．
故选：C．