我的理解是：
what's wrong with you 你怎么了?
一般是不知道具体原因,只是感觉和平时不一样时问的.如：
What's wrong with you?You look very week.
What's wrong with you?You look angry.
How do you feel,你感觉如何,知道是什么是,问感觉,如：
How do you feel now.（知道你病了,问你）现在感觉如何?（好点儿了吗?）
How do you feel about the speech?
（一起听完了一个演讲,问一下）你感觉这个演讲怎么样?
在第一次去探视病人并且不知道是什么病时用：what's wrong with you,是问你怎么了?或是,哪里不舒服?
以后再去就问：how do you feel today/now?
拙见,供参考.