it caused在这里做插入语,原句是the earthquake and tsunami (it caused) did great damage to Japan and affected the global economy,即（它造成的）地震和海啸对日本造成了很大灾难并影响了全球经济,it在这里指前面的the earthquake and tsunami.
插入语中的谓语与插入语中的主语保持一致,外面的句子就不受插入语的时态影响了.
希望有所帮助.