不能通用的.一个很简单的辨别方法：
1、By the time 后面可以加东西进行修饰或是限制；而by then后面就不可以加东西了.
例如：.by the time they were five-year old.
.by then.
2、而对于前面的内容,by the time前面不一定会出现时间名词等,只要后面有一个时间限定,表示出什么时候就可以了；但是by then前面一定要出现具体的时间限定,因为then是一个指代词,必修前面有指代的内容.