真核微生物：主要是真菌、绿藻等；
原核生物：细菌,蓝藻等；
难点是哪些菌是真菌,哪些是细菌.
我简单的概括下：
真核的：酵母菌、菇类、XX霉菌（青霉、赤霉菌）；
原核的：乳酸菌、XX杆菌、XX球菌、XX链菌、XX螺旋菌（带形状的菌）