句意为：这条河流已经遭受很重的污染,现在要清理为时太晚.
本题考察分词短语作状语的用法.
分词作状语,其逻辑主语是句子主语,而本句主语看似为it,实际it作形式主语,
真正主语为不定式,而不定式前应视为省略其逻辑主语for people.
这样一来就清楚了,应用现在分词,再依据already的提示,应用完成时态.
所以用Having suffered.