碱性染料是指在水溶液中能解离生成阳离子色素的染料,故划归为阳离子染料类.也称为盐基性染料,其发色基团大多数为有机碱类,与无机酸结成盐（氯化物）少数为其他盐类.染料在水溶液中离解时,因色素基团带阳电荷,因而属阳离子染料.
这类染料电离后染料离子带正电,可与酸性物质结合成盐.微生物实验室一般常用的碱性染料有美兰、甲基紫、草酸铵结晶紫、醋酸洋红、碱性复红、中性红、孔雀绿和蕃红等,在一般的情况下,细菌易被碱性染料染色.