选B"会议开始时,除了Tom 和John 外,每个人都在那儿.
本题中besides Tom and John 是一个介词短语,用来修饰前面的主语everyone, 所以everyone是这句话的中心主语,它做主语时谓语动词用单数；又因为后面的从句中用到了一般过去时(有began), 所以谓语动词要用was.