现代定义：微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物 形体微小,结构简单,通常要用光学显微镜和电子显微镜才能看清楚的生物,统称为微生物.（但有些微生物是可以看见的,像属于真菌的蘑菇、灵芝等.）分类
原核类:三菌,三体.三菌：细菌、蓝细菌、放线菌 三体：支原体、衣原体、立克次氏体 真核类:真菌,原生动物,显微藻类.非细胞类:病毒,亚病毒 ( 类病毒,拟病毒,朊病毒).
在中国大陆地区的教科书中,均将微生物划分为以下8大类：
　　细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体.
　　西方与日本的教科书与上面大同小异.
　　另外广义的微生物还会将原生动物门中的一些及其一些微浮游动物和微藻（也就是单细胞植物）包括进来.