从结构上来说：酵母菌是真核细胞构成的真核生物,而乳酸菌是原核细胞构成的原核生物.真核细胞内的遗传物质被核膜包围起来形成细胞核,而原核细胞内的遗传物质则没有核膜包围,也就是不形成细胞核.所以二者的主要区别就在于有无核膜,或者说有无细胞核.当然,也还有其他的区别.比如：酵母菌既能在有氧气的条件下生存,也能在无氧气的条件下生存并产生酒精,因而常被用于酿酒.而乳酸菌则只能在无氧气的条件下才能很好的生活,并产生乳酸,所以常被用于在鲜奶中发酵以生产酸奶.