C.the one
【解析】
A.如果填that,that引导定语从句,就成了一个不完整的句子：“这个你父亲工作的工厂.”
B.where,从句后面有介词in,表明这里不能用where 代替 in which
D.which,同A,错误
C.the one 后面省略了that引导的定语从句,为正解
译文：这是那父亲工作的那个工厂吗?