A、该基因不一定存在于细胞核内染色体DNA上，也有可能在线粒体或叶绿体DNA上；故A错误．
B、已知该基因全部碱基中A占20%，根据碱基互补配对原则，A=T=20%，则C=G=30%，所以该基因的每一条核苷酸链中及整个双链中（C+G）/（A+T）的比例均为3：2；故B正确．
C、图中①部位是磷酸二酯键，是限制酶的作用部位，②部位是氢键，是解旋酶的作用部位；故C错误．
D、G=30%×2000=600个，复制3次，则需要游离的鸟嘌呤脱氧核苷酸=600×（2³-1）=4200个；故D错误．
故选：B．