A、白化病是基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，使生物体表现相应的性状的事例，A错误；
B、苯丙酮尿症是基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，使生物体表现相应的性状的事例，B错误；
C、囊性纤维素病是基因通过控制蛋白质的结构直接控制生物的性状的事例，C正确；
D、豌豆的皱粒是基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，使生物体表现相应的性状的事例，D错误．
故选：C．