包括：蛋白质水解为肽、肽水解为氨基酸、氨基酸的脱氨基、三羧酸循环、糖异生.
溶酶体可水解胞质内的有机物,如蛋白、核酸以至细胞器等.并能水解细胞内吞的物质.
溶酶体可部分的起到将蛋白酶水解为肽的作用.