膜蛋白、溶酶体蛋白等蛋白.它们需经内质网加工成为较成熟蛋白,再经高尔基体进一步加工(如对内质网进行的糖基化做进一步修饰、及进行其特有的糖基化：O-连接糖基化.
内在蛋白有些需要内质网的加工,有些不需要.不一定内质网上的核糖体都是合成分泌蛋白.