主要是分子量、外形、亲水性、等电点、免疫特性、生物亲和性等的差异.比如分子量差异可以用普通变性电泳、分子筛柱来分离；外形的话有的电泳可以做到,不过这个用的不多；亲水性可以用梯度硫铵沉淀分离；等电点可以用等电沉淀、等电共聚焦等来分离；免疫特性可以用免疫亲和层析、抗体-微磁珠分离；生物亲和性可以用底物亲和层析、金属亲和层析等来分离.