蛋白质分子通常极大,不会像单个磷酸分子那样有明显的极性端.但氨基酸的羧基,或R基可具明显亲水性或亲脂性,这些疏水基团产生疏水作用使蛋白质呈现复杂扭曲的空间构型.两端的亲疏性对整个分子的影响微乎其微.