A、基因重组属于生物变异的来源，但不是根本来源，A错误；
B、基因突变能为生物进化提供原材料，是生物变异的根本来源，B正确；
C、染色体结构变异属于生物变异的来源，但不是根本来源，C错误；
D、染色体数目变化属于生物变异的来源，但不是根本来源，D错误．
故选：B．